義務教育の対象者が、小学校や小学部を卒業してからもまだ学齢期が残る場合は、卒業の前に中学校または中学部への進学のための就学通知書を発送することになる。中学校での就学に支障がない場合は、公立中学校が指定校になる。このとき、多くの自治体では学区に基づき単一の中学校を指定しているため、何も手続きをとらなければ指定校に就学することになる。ただし公立学校選択制がある地域では、入学する中学校を前年中にある程度選べる。
中学校で学ぶことが困難であると認められた場合は、特別支援学校の中学部への進学が指導され、協議の上でそこが指定校になる場合がある。中学校の特別支援学級に関しては#障害者の就学で後述する。
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小学校や小学部を卒業してからは学齢期が残らない場合は、卒業後は義務教育制度の対象ではないため、就学先学校の指定はされない。ただし、一般の公立中学校には教育委員会が入学を許可すれば進学が可能である。
義務教育の対象者が、住所移転により学区が変更になった場合、私立学校などを辞めた場合、就学猶予が解除された場合などには学齢簿の内容が変更になる。